Final Editionin 1299 Superleggera -moottori on kaikkien aikojen suorituskykyisin katuliikennekelpoinen kaksisylinterinen Ducati-moottori. 209 hevosvoiman huipputeho saavutetaan 11 000 kierroksella ja maksimiväännöksi ilmoitetaan 142 newtonmetriä 9 000 kierroksella.
Moottorista on perusmalliin verrattuna kutiteltu lisätehoa mm. 48-millisiksi kasvatetuilla imuventtiileillä (46,8) ja 39,5-millisiksi suurennettuilla pakoventtiileillä (38,2), joiden molempien nostoa on kasvatettu uusilla nokka-akseleilla. Myös sylinterikannen kanavien muodot on optimoitu parempien virtausten saavuttamiseksi. Kevyempi kampiakseli parantaa moottorin kierrosherkkyyttä ja hengityksen parantamiseksi pakoputkisto on vaihdettu Akrapovicin titaaniputkistoon.
Elektroniikkapuolella varustus hipoo täydellisyyttä uusimmilla versioilla keulimisen- ja luistonestojärjestelmistä, kaarre-ABS-jarruilla ja säädettävällä moottorijarrutuksen määrällä sekä molempiin suuntiin toimivalla shifterillä. Öhlinsin täysin säädettävä jousitus täydentyy saman valmistajan ohjausiskunvaimentimella. Jarruina on Brembon M50 Monoblocit 330-millisillä levyillä. Kuivapainoksi ilmoitetaan vain 168 kiloa. Siihen on päästy mm. käyttämällä kevyitä takoalumiinivanteita ja litiumioni-akkua.
V2-moottorisilla Ducateilla on tähän mennessä voitettu 330 World Superbike -luokan MM-osakilpailua. Ensimmäisen voiton ajoi Marco Lucchinelli 851:llä ja viimeisimmät ovat Chaz Daviesin ja Marco Melandrin Panigale R:llä tänä vuonna ajamia. 1299 Panigale R Final Edition päättää Ducatin yli kolme vuosikymmentä jatkuneen desmodromisesti ohjattujen V2-moottoristen sporttipyörien kauden, mistä syystä Final Edition tullee olemaan erityisesti keräilijöiden suuressa suosiossa.